█ 2010年7月 质疑道士李一虚假养生：养生名家敢吹且会吹 跟主流医学对着干
“要想成为养生大师，首先得给自己想一个江湖绰号，“排毒教父”、“中医食疗第一人”等等。” 方舟子辛辣地说。而这些拥有响当当绰号的养生大师，总是无一例外地让自己显得“有文化”。比如“排毒教父”林光常，专讲国外最新的发现，于是他号称自己是美国环球大学的博士。 方舟子话锋一转：“大家都知道美国环球大学就是卖文凭的学校，跟唐骏那个西太平洋大学的性质是一样的。”【详细】

█ 2010年7月 剖析性早熟
方舟子就圣元奶粉事件接受专访时表示，个别性早熟的婴儿吃了圣元奶粉,可能是巧合。他认为，其一、性早熟的原因非常复杂，不能认定就是圣元奶粉引起的。其二、性早熟发病率大概为千分之几，用圣元奶粉的人很多，如果是圣元奶粉致性早熟不应只几例。【详细】

█ 2010年7月 质疑唐骏学历、经历造假：“成功人士”一旦造假社会危害会更大
如果按照现在社会上流行的看法，发财等于成功，那他当然算是一个“成功人士”。不过，如果这种成功模式是含有虚假成分的，就不值得复制。我认为这个事件的最大的价值在于：不要轻信“成功人士”的言行，他们头上的光环可能是假的。也不要宽容“成功人士”，他们一旦造假，造成的社会危害会更大。【详细】

2007年4月 揭露蒙牛特仑苏

方舟子在“新语丝”披露，蒙牛特仑苏OMP牛奶添加的“造骨牛奶蛋白”实际上是国外研究很多的一种生长因子IGF-1，不仅不能造骨，还有致癌风险。后来国家质检总局下文认为OMP是不允许添加的添加剂。

2005年11月 揭露清华教授刘辉学术造假

方舟子在“新语丝”首次披露，原清华大学医学院院长助理、教授刘辉学术造假。凭借“刘辉事件”，方舟子掀起了一股学术打假狂澜。

2005年9月 质疑“肖氏反射弧”理论

2005年9月，方舟子在接受一家网站的在线访问时，将矛头指向肖传国。称肖所谓“国际公认的”“肖氏反射弧”理论，是利用国内外信息不对称的“自吹自擂”。此后也引发了系列有关此事的法律纠纷。

2001年1月 揭露“核酸营养品”

方舟子发文揭露，当时国内流行的珍奥核酸等“核酸营养品”不仅没有保健作用，还会有副作用，掀起轩然大波，珍奥核酸组织“专家”开研讨会、听证会与方舟子叫板。在媒体热炒后，卫生部、国家工商总局认定珍奥核酸做虚假宣传。

000年9月 揭露“基因皇后”

美籍华人科学家陈晓宁携带三大基因库回国，方舟子发表公开信，称同等产品在美国用3000－4000美元就可以买到。随着媒体的报道，“基因皇后”的追捧声在一片质疑声中迅速消退。