忽必烈命名通惠河
白浮泉的引水和通惠河的疏通工程从1292年动工，特别是玉河段，不但有民工挖河，朝廷的官员们也都要参加劳动。工程在第二年秋全部竣工。当时江南的粮船在积水潭的东北岸挤满，在玉河上也是浩浩荡荡排船驶行，大都城的人们争先观看，热烈欢呼，犹如过节。元世祖忽必烈正从上京和林回来，在万宁桥上看到水面全是粮船，“过积水潭，见舻舳蔽水，大悦”，亲自命名从万宁桥到通州的河道为“通惠河”，“通惠河”的河名是忽必烈起的。现在人们一般称大运河的北运河一段为潞河，从东便门至通州的一段为通惠河。但在元代前，现在的通惠河叫潞河，到金代时叫金闸河，因金代时也疏通过潞河，并修有闸坝。而从万宁桥到金闸河的一段因在都城内，并流经元代的皇城根，故称为“玉河”，又称为“御河”。
玉河宛如小秦淮
通惠河的疏通工程中，玉河一段是完全新开挖的。以后因玉河或变暗河，或消失，人们也就把玉河忘却了。通惠河疏通，因南方的粮食和各种货物源源不断地运到大都城，而积水潭的东北岸成了大运河的最终码头，所以积水潭十分繁华，特别是东北岸，现在的烟袋斜街一带。岸上是旅馆、酒楼、饭馆、茶肆、各种商店等遍布，成为大都城内最热闹的地方。积水潭又成为大都城里最美丽的风景区，尤以荷花著称，古人多有诗文。如在《燕京岁时记》中记：“……荷花最盛，六月间，仕女云集。凡花开时，北岸一带，风景最佳。绿柳低垂，红衣粉腻，花光人面。真不知人之为人，花之为花。”有诗句：“十里藕香连不断，晚风吹过步粮桥”。积水潭的“银锭观山”还成为京城里观西山的第一佳处。而在玉河上，也是货船来往，景观壮丽。两岸也是店铺彼邻，宛如江南秦淮。
吴仲再疏通惠河
在元代，通惠河疏通后，解决了大运河的最后结症，使漕运的粮食和各种货物直接运到大都城里的积水潭。漕运最多时，一年可运粮达二百万担。但到明初，因为战乱，还有大将徐达修建北京城时，北京城的南城墙向南移，从万宁桥到崇文门外的河道已不便漕运。漕运只能到东便门外的大通桥下，因此通惠河当时又叫大通河。明永乐年间修建的紫禁城、社稷坛、太庙、天坛等皇家古建，所用的大木、神木等，因只能运到崇文门外，故在崇文门外建立了“神木厂”(今花市大街处)。以后通惠河又遭淤塞，虽有几次疏通，但因各种原因，疏通失败。到嘉靖七年，因大量皇家坛庙古建等的需要，在巡仓御史吴仲的主持下，又一次疏通通惠河。吴仲是按照郭守敬的引水路线加以疏通，并取得成功。据《通惠河志》载：“寻元人故迹，以凿以疏，导神仙、马眼二泉，决榆、沙二河之脉，汇一亩众泉而为七里泊(瓮山泊)，东贯都城。由大通桥下直至通州高丽庄与白河通。凡一百六十里，为闸二十有四。”因吴仲疏通通惠河有功，人们在通州为他建祠纪念。
到清光绪二十六年，通惠河的漕运停运，但通惠河的历史功绩却永存，尤其是北京的很多古建，木料大多是产自南方的云、贵、川、鄂等省，是通过大运河和通惠河运到京城的。在元明清三代，京城人民吃的粮食也大多来自南方。如在明嘉靖年间吴仲疏通通惠河后，一年从南方运粮可达四、五百万担。还如明正统年间，土木之变后，瓦剌部入侵北京。兵部尚书于谦为防止瓦剌部到通州抢粮，就从通州往北京运粮，用了五百辆大车，日夜抢运，一直运了半个月。后瓦剌部果然去通州抢粮，结果落空。从这一事件，可见大运河运粮之多。
未来发展
通惠运河是一条历史性通航河道。由于清末实行“停漕改折”政策和20世纪以来铁路、公路交通发展，货物转为陆运，加之水源不足，航道失修,至50年代初期,仅有少量船只作间歇性通航。目前该河主要用作北京市排水河道，已不能通航。
京杭大运河是我国古代劳动人民创造的一项伟大工程，是祖先留给我们的珍贵物质和精神财富，是活着的、流动的重要人类遗产。大运河肇始于春秋时期，形成于隋代，发展于唐宋，京杭大运河建于两千多年前的春秋时期，距今已有2500年的历史，而秦始皇(嬴政)在嘉兴境内开凿的一条重要河道，也奠定了以后的江南运河走向。据《越绝书》记载，秦始皇从嘉兴“治陵水道，到钱塘越地，通浙江”。大约2500年前，吴王夫差挖邗沟，开通了连接长江和淮河的运河，并修筑了邗城，运河及运河文化由此衍生。
我们今天所说的大运河开掘于春秋时期，完成于隋朝，繁荣于唐宋，取直于元代，疏通于明清(从公元前486年始凿，至公元1293年全线通航)，前后共持续了1779年。在漫长的岁月里，主要经历三次较大的兴修过程。到了隋朝，隋炀帝动用几百万人，开凿贯通了大运河，这为以后国家的经济文化空前繁荣作出了巨大贡献)，隋代开始全线贯通，经唐宋发展，最终在元代成为沟通海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系、贯通南北的交通大动脉。
京杭大运河是我国仅次于长江的第二条“黄金水道”。价值堪比长城。是世界上开凿最早、最长的一条人工河道,是苏伊士运河的16倍,巴拿马运河的33倍。
京杭运河一向为历代漕运要道，对南北经济和文化交流曾起到重大作用。十九世纪海运兴起，以后随着津浦铁路通车，京杭运河的作用逐渐减小。黄河迁徙后，山东境内河段水源不足，河道淤浅，南北断航，淤成平地。水量较大、通航条件较好的江苏省境内一段，也只能通行小木帆船。京杭运河的荒废、萧条，是中国半殖民地半封建制度的写照。解放后部分河段已进行拓宽加深，裁弯取直，新建了许多现代化码头和船闸，航运条件有所改善。季节性的通航里程已达1100多千米。江苏邳县以南的660多千米航道，500吨的船队可以畅通无阻。古老的京杭运河将来还要成为南水北调的输水通道。
2006年3月58位政协委员联合向全国政协十届四次会议提交了一份提案，呼吁从战略高度启动对京杭大运河的抢救性保护工作，并在适当时候申报世界遗产项目。
恢复工程
今天位于什刹海东的万宁桥到地安门东大街路北的古河道玉河(御河)的一段，已从暗河变为明河，两岸也修建成美丽的公园。东城区政府从2006年开启“北京玉河历史文化恢复工程”，恢复了七百年前的古玉河河道480多米，并在河道上修建了雨儿桥(东通雨儿胡同，西通拐棒胡同)和福祥桥(东通福祥胡同)，因这两座桥是白玉石栏板，和清澈碧绿的河水相映相辉显得古香古色，使此处又呈现出元明时古都风貌。而河道两旁的建筑则主要以清代的古建四合院为主。在福祥桥西的平安大街上复修了福祥寺。
2007年，在复建挖掘玉河的过程中，发现了元代时通惠河的河堤遗址，玉河庵的山门和东西配殿的地基。我国著名的文物考古专家徐苹芳先生说，玉河是通惠河的一段，并在河畔的卧地巨石上亲题“通惠河玉河遗址”。