民间打假的问题
今年，方舟子从事学术打假活动整十年。“基本上一年一百起左右。”他说。
“新语丝”所发布的学术不端行为，大部分是网友的通风报信，小部分是方舟子在媒体报道中看来的。他主要选择一些涉及的人士地位比较高的和比较典型的事件。
对于自己打假的判断力，方舟子非常自信，“由我本人亲自打的假，根本上出错的没有，细节出错的有过，一旦发现马上澄清、更正。”而且，对于来稿者的指控，他只发表那些表明其真实身份的，并且他会做一些初步的调查，有时也向外部专家征求意见。
然而，北大生命科学学院院长饶毅7月27日在其科学网博客中发表名为《批判方舟子》的博文，对方舟子和他的“新语丝”网站提出了五点批评：
第一，方舟子选登的文章，质量参差不齐。他自己写的批判文章，相当多比较合情合理，特别是文字总是文明。但是，其他文章中质量差的不少，也有不文明的。
第二，批评的对象和问题，选择性有待提高。如果批判很小的事情、相当不确定的事情，不仅效果不好，失去一些人，还可能起反作用，误斗积极推动国内良性改革的人。
第三，批评和反批评的时候，对于支持自己观点的人，也要对其文章质量有要求，不能因为观点一致，什么人的文章、什么文字都接受，不文明的人支持自己，用了他们的文章，使有些读者感到打群架似的，反而降低了说服力，损害了支持方。
第四，避免出现对批评过的人一直批。这种事情，可能是其他投稿者做的，但把关在方舟子。批过的人，以后没有事情，或者实在不是什么事情，不用一直批，所谓有理有节。
第五，对于需要专业判断的事情，应该特别慎重，批判的范围不能太宽，尤其不宜深入专业领域内。
对于第五点，饶毅特别指出，“科学界很多会自身料理的（如国际杂志上竞争发表的工作），顺其自然，媒体不参与，可能更合适。”
2006年，饶毅曾发表《对肖传国起诉方舟子一案的意见书》，公开支持被肖传国诉讼的方舟子。他当时的身份是美国西北大学神经科教授兼中国北京生命科学研究所资深研究员。这种温和的批评更容易被解读为对方舟子的善意提醒。
中科院政策所研究员王铮的观点则更为尖锐，“他的‘新语丝’上除了打假，也成为了某些人‘假打’的东西，有一些无中生有的东西，使得大家对他失去信任。”
方舟子认为民间力量打假面临的最大问题是缺乏资源，进行起来非常困难。“我们只能通过自己的打假，引发媒体和人们的关注，通过舆论的力量来遏制一部分造假行为。至于使政府建立具有公信力的专门机构方面，我除了呼吁之外无能为力。”
不过，对于中国学术环境的净化，方舟子持乐观态度，“总体上，中国的学术界在向好的方向发展，现在揭露出来的很多假，都是当事人很多年以前造的。我想，我们的打假还是起到了一定的威慑作用。”
官方不作为？
没有一个国家能够避免科学研究中的不端行为。问题在于，一旦发现了此类行为该向谁投诉、举报？又有谁来监督、调查、惩处舞弊的科学家？
2007年，科技部牵头建立了由教育部、财政部、人保部、卫生部、解放军总装备部、中科院、中国工程院、国家自然科学基金委、中国科协十单位组成的科研诚信建设联席会议制度，而在此前后，许多管理部门、科研教育机构和学术团体均建立了促进科研诚信与学风建设的组织机构，一系列针对学术不端行为调查处理的法律法规、政策性文件和学术规范也相继出台。
但是许多科学家感到，这些科研诚信与学风建设的官方机构没有发挥应有的作用，对它们解决问题的能力缺乏信心。
“主要还是处罚太轻或者没有处罚，同时制定规范者可能自己也涉及到学术道德问题。”王德华认为，制度必须执行，制度面前人人平等，这才能正常发展。“现在的状态，只能是一个摆设，没有任何威慑力。”
“如果单从条文上，也许中国打击学术腐败的规定比哪个国家做得都要好，要求比哪个国家都要高，但事实上我们学术界的水比哪个国家都要浑。”何士刚对官方机构在净化学术环境方面的作用很失望。
“中国最大的问题就是官官相护，在官场生态下，官方机构整治官方机构是不正常的。”何士刚认为，“这就造成大多数的规定都是停留在书面上。”
颇具讽刺意味的是，雇佣打手袭击方舟子和方玄昌的华中科技大学教授肖传国，也是一位国家“973”项目的主持人。
王铮则直指官方机构存在“腐败”。他表示，爆出三聚氰胺事件的三鹿奶粉是唯一获得国家科技进步奖的奶粉，至今科技部也没有撤销这个奖项，更谈不到公布获奖过程，暴露出腐败问题。
方舟子从2005年开始质疑肖传国的“肖氏手术”，整整五年时间里，肖传国所属的华中科技大学以及其他学术机构并没有启动独立的调查，给出权威的学术鉴定。
“需要整个（学术）社会的觉醒。国家相关部门需要重视和支持（学术打假），尤其涉及到一些官位和地位高的学者时，更要支持彻查而不是包庇。”王德华说。
针对学界之外的科学打假，也同样缺乏政府部门积极的回应和配合。事实上，对“养生大师”张悟本和李一“道长”等位科学传播人士的查处，往往是他们的行为已经造成了严重的社会混乱，引发了媒体和公众广泛关注之后。正是由于中国科学界缺乏独立的监督机制，作为个人的方舟子承担起本不应该由他承担的责任。
美国纽约州立大学的曹聪说：“这种‘堂吉诃德’式的个人英雄主义，多少显现出方舟子的无奈，但这更是中国科学的悲哀。”