下面我们来看看秦可卿身上存在着哪些谜。
1秦业的“营缮郎”是一种什么样的职业？假如说相当于清代的“营缮清吏司”。其司职位有两种：正五品之郎中和从五品之员外郎。这是一种并不很低的官员。既然如此，为什么秦业竟穷得不能供儿子秦钟上学，偏要让他借读于贾家的家学呢？
2按照小说描写：“秦业……因当年无儿女，便向养生堂抱了一个儿子并一个女儿”，这个女儿便是秦可卿。秦业待秦可卿如同亲生儿女，为什么脂批却说“如此写出可儿来历，亦甚苦矣！”秦可卿苦在何处？
3书中谈到秦业时，甲戌本有夹批曰：“妙名，业者，‘孽’也。”“业”为何是“妙名”？为何“业”谐音“孽”，就是妙名？
4书中写宝玉睡在秦氏床上，在“犹似秦氏在前，遂悠悠荡荡，随了秦氏，至一所在”处，戚序本和甲戌本有侧批曰：“此梦文情固佳，然必用秦氏引梦，又用秦氏出梦，竟不知立意何属？”小说中写了秦氏引梦，但宝玉的梦是在坠入“迷津”后被吓醒的，怎么能说是“秦氏出梦”？
5书中为警幻仙姑写了一篇赋，脂砚斋对此赋加批曰：“前有宝玉二词，今复见此一赋，何也？盖此二人，乃通部大纲。”第五回以后，警幻并未再出场，怎么警幻与宝玉二人倒成了《红楼梦》的“通部大纲”？
6警幻说宝玉是“天下古今第一淫人”。宝玉怎么就成了“天下古今第一淫人”？
7可卿仙子与可卿是什么关系？是一个人？是两个人？
8脂砚斋批语曰：“‘群芳髓’可对‘冷香丸’。”“群芳髓”是太虚幻境中的香，而“冷香丸”是宝钗吃的一种药，这两种东西如何相对？
9脂砚斋说：“万艳同杯”的“杯”隐“悲”字，如此说来“万艳同杯”，岂不成了“万艳同悲”，这是什么意思？
10脂砚斋说：“千红一窟”的“窟”隐“哭”字，如此说来“千红一窟”，岂不成了“千红一哭”，这又是什么意思？
11当书中写道：“二人因携手出去游玩，忽至一个所在，但见荆榛满地，狼虎成群”处，脂砚斋批道：“凶极！试问观者：此系何处？”——这是何处呢？
12张友士医生说可卿之病是“忧虑伤脾，肝木忒旺”。自小说中何处可看出她的这种忧虑？
13书中写秦可卿：“那长一辈的想他素日孝顺，平一辈的想他素日和睦亲密，下一辈的想他素日慈爱，”秦可卿在贾府中的辈分是最低的，这里说“下一辈的”指谁？