二是展陈内容丰富多彩。港口博物馆展陈总面积约1万平方米，由中国港口历史馆、现代港口知识馆、港口科学探索馆、“数字海洋”体验馆、史迹陈列厅、水下考古在中国专题陈列和临展厅7部分组成。其中中国港口历史馆以时间顺序为主线，按照远古、古代(夏商周至1840年前)、近代(1840年至1949年前)、现代(1949年至2010年)四个历史阶段，展示各阶段不同时期中国港口的发展。现代港口知识馆以当代港口技术为背景，按照港口基本构成、主要功能、基础设施、重要设备、关键技术、支持系统，展示现代港口的技术特征和地位作用。港口科学探索馆从港口时空变化与人物角色变化的角度入手，形成穿越时空、穿越自我、穿越快乐的三大主题脉络，围绕港口科技、航海航运、海洋地理、海上安全等主题，设计包括港口装卸、货物检测、浪涌体验、海水淡化、水下打捞等26个相关展项，以现代高科技手段，使参观者多视角体验和领悟港口及海洋知识。《水下考古在中国》陈列是国家文物局水下文化遗产保护基地的展示窗口包括全开放的水下考古专题陈列厅和半开放的出水沉船修复两部分，集中展示我国水下考古与水下文化遗产保护的发展历程和主要成果。
三是设施设备科学完备。为保证服务功能的实现和长效科学运作，港口博物馆从实际使用出发，采用国际领先技术，科学设计和配置各项运行系统和硬件设施，包括建筑暖通和消防系统、建筑智能化系统、安防系统、导览系统、智能业务系统以及库房文物存放设施、恒温恒湿设施、观众服务设施等，做到各类设备设施配置的人性化和全面性，保证管理的智能化和专业性。
四是文物藏品行业领先。在交通运输部、国家文物局、浙江省文物局的大力支持下，聘请了全国各类文物征集顾问20余名，在全国22个重点城市全方位征集文物，目前馆藏文物已达到15000余件，经浙江省文物局组织相关专家鉴定，其中一级珍贵文物8件、二级珍贵文物29件、三级珍贵文物达到1000余件，“小白礁Ⅰ号”清代沉船打捞也已完成馆藏，港口博物馆文物藏品在同行业内处于领先地位。
五是运营管理注重长效。为了确保港口博物馆规范运行和科学管理，2010年由宁波市北仑区人民政府在整合基础上，成立了“港口博物馆”机构、落实了人员编制和相关经费。与此同时，强化管理创新，注重人才在博物馆建设管理中的核心作用，引进了一批硕士研究生和博士生，积极探索建立理事会架构下的博物馆管理运营机制，确保博物馆长效科学运作。
