哪些该做减法，哪些又要做加法？何处该“隐身”，何处又要“现身”？啥时可放手，啥时又要插手？看似对立的选项，却要有机统一起来，这是机构改革之难，也正说明，科学、合理的方法，对这一改革至关重要。
政府机构改革，我们已经进行了多次、持续了多年。为什么？一个重要原因是，情况在变化，认识在深化。看看过去的改革，每次都是针对当时行政管理体制的主要矛盾。比如，1982年国务院机构达到100个，改臃肿机构是重点；1998年，政企不分阻碍市场经济脚步，电力工业部等专业经济部门成为历史。可见，情况在变，问题也跟着变，改革的节奏也必然要适当调整，不可能毕其功于一役，这是基本的方法论。从根本上说，机构改革是为了越来越好，而不是越来越大或者越来越少。
从改变食品安全的分段监管，到减少各种审批、许可、收费，此次改革，职能怎么转，决定了机构怎么调。许多问题通过职能转变来解决，比单纯的机构调整更有意义。但要看到，职能转变不是按个钮就能换频道，而是涉及职能转移、下放、整合和加强的系统工程。这也决定了，机构改革不是画个圈写个“拆”字那么简单，不转变职能，减下去的机构还会再生。十八大报告要求，政府职能要向“创造良好发展环境、提供优质公共服务、维护社会公平正义”转变，政府机构改革也应该以此为目标，既要“瘦身”，更要“健身”。
对于当前行政管理中的种种问题，民间多有揶揄，如“十几顶大盖帽管不好一顶破草帽”，如“上面政策是太阳，照到下边碰到墙”，如“服务就是喝醉，管理就是收费”，等等。虽属夸张描画，但所揭示的矛盾也启示改革者，机构改革同样是调和鼎鼐的功夫，需要处理好大和小、收和放、政府和社会、管理和服务的关系，要做到政府不能缺位，也不能越位，该管的要抓到位，该放的要让到位。
铁路要经营和监管分开，能源要加强资源整合，处理好大和小的关系，才能明确权责，避免“有事踢皮球”，也防止因权力集中滋生腐败。从宏观调控、节能减排曾遇到的阻力到地方抱怨“权力上收、责任下放”，处理好收和放的关系，才能保证中央政令畅通、地方积极主动。北京一个胡同停车自治，原来的83个车位“消化”200多辆车，这说明，处理好政府与社会的关系，政府就不会“管不过来”，社会也不会“管不下去”。修路建公园很重要，但食品安全问题的解决、高企房价的抑制等等也是政府职责，处理好管理与服务的关系，才能全面发挥政府职能。
近年来，各地都在探索政府机构改革，形成了顺德模式、随州模式、深圳模式、成都模式等。但无论选择什么路径，都是为了凝聚改革发展的合力。正因此，更需要调动各方积极性，简单的裁撤或重组，反而可能欲速则不达。低垂的果子已经摘完，依靠一个部门、一个机构就能推进改革的时代已经过去。改革涉及方方面面，各个部门都有改革任务。机构改革的目的，不是要把多数部门当做改革对象，而要激发出各个部门的改革动力。这是判断改革是否有决心有勇气、举措是否有实效有长效的根本依据。
每一次改革都应该是下一次改革的铺路石。上层建筑需要不断适应经济基础的发展要求，但这是一个不断调整的过程，不可能一蹴而就。正如习近平同志所言，改革没有完成时，还需奋力，还需探索，还需时间，还需进一步积累共识和经验，条件成熟时再作推进。积极稳妥、循序渐进，抓主要矛盾、看主要方面，这不仅适用于政府机构改革，更大范围内的改革，又何尝不是如此？