翌日，《中国经济周刊》记者赶赴温州。
事故发生后的两天，温州的天气一直不好，雨水时断时续，夜空中的闪电把城市照得透亮。
“这几天，我一直都很想知道为什么我们会遭此劫难，为什么会这么惨，谁应该为这起事故负责。”仍在温州医学院附属第一医院住院观察的乘客小袁（化名）向《中国经济周刊》记者发出了这样的疑问。幸运的是，与其他已经死亡和遭受重伤的乘客相比，他只是擦伤。
小袁回忆说，自己乘坐的D301次动车进入浙江之后，天气就不怎么好，过了温州永嘉站之后，天空开始电闪雷鸣，当时他还和同伴说起京沪高铁开通后因为遭受雷击被密闭几个小时的新闻，他担心这样的事情同样发生在自己的身上，因为D301次动车在雨中走走停停，让人特别的烦躁，车厢中抱怨的声音也越来越多。
“幸运”的是，被雷击的事件并未发生在D301次动车上，但不幸的是D301次动车却撞上了被雷击的D3115次动车，造成了更为惨烈的伤亡。
信号设备设计上存在严重缺陷
7月24日11时，中共中央政治局委员、国务院副总理张德江抵达温州后随即赶赴温州市第三人民医院，并在接受媒体采访时表示：“一定要把事故查清，给社会一个交代。”
10个小时之后，在温州水心饭店二楼多功能厅举行“7·23”甬温线动车追尾事故新闻发布会上，铁道部政治宣传部部长、新闻发言人王勇平称：“初步了解，事故原因是雷击造成设备故障导致的，详细情况正在进一步调查分析中。”
仅仅用10个小时就能把事故查清？这一表态引发了在场数百位记者的嘘声。事故的原因是天灾还是人祸？雷击是不是事故的唯一原因？事故的伤亡人数究竟有多少？在全国动车实名制购票乘车时代，伤亡名单究竟何时才能公布？为什么幸存者会在官方确认已无生命活体的情况下被发现？为什么车厢会在事件发生短短24小时内被掩埋？
在新闻发布会上，王勇平面对媒体的种种质疑显然有些应接不暇，“我年纪大了，一次记不清楚那么多问题”，然而这样的话语仍然无法搪塞住记者连珠炮式的发问。
7月24日，上海铁路局局长龙京、党委书记李嘉、分管工务电务的副局长何胜利则被予以免职，并接受调查。有分析认为，从何胜利被免职的情况来看，铁道部判断“雷击”是事故的主要原因。
上海铁路局一位不愿意透露姓名的人士向《中国经济周刊》坦言：“王勇平作出雷击的解释的确有些轻率，因为雷击只能部分解释D3115失去动力的原因，但却不能解释为什么D301会撞上D3115，这才是难以回避的问题。其中不仅仅牵涉到技术的问题，更牵涉到管理的问题。”
在过去几年里，铁道部官员多次宣称，我国自主研发的自动闭塞系统可防止动车追尾。时任铁道部运输局局长、副总工程师张曙光（2011年2月28日，张因涉嫌经济犯罪被停职审查）曾表示，中国已自主研发出世界领先的“动车防追尾系统”（主要指自动闭塞系统），可将高速运行的两列动车组的间隔时间控制在5分钟，“就是控制同一条铁路上多列动车组安全间隔时间，信息通过钢轨传送到动车组的车载系统，防止列车追尾事故的发生。”
根据铁道部2009年发布的《铁路客运专线技术管理办法（试行）》（200km/h~250km/h部分），动车的信号系统主要包括计算机联锁系统、列车运行控制系统（CTCS）、调度集中系统（CTC）和信号集中监测系统等。
上海铁路局上述人士告诉《中国经济周刊》：“如果系统失效，监控中心仍然可以看到列车的运行情况，应该可以制止D301继续前行，以免酿成惨剧。即使退一万步来说，铁路部门作为半军事化管理单位都配备有铁路电话，前方列车完全有能力通知监控中心或后方列车，自己的运行出现了事故，但这些都没有起到作用，这才是整个事件吊诡的原因。”
7月28日，上海铁路局新任局长安路生表示，根据初步掌握的情况分析，“7·23”动车事故是由于温州南站信号设备在设计上存在严重缺陷，遭雷击发生故障后，导致本应显示为红灯的区间信号机错误显示为绿灯。存在设计缺陷的信号设备由北京一家研究设计院设计，2009年9月28日投入使用。
同日，中国铁路通信信号集团公司下属的北京全路通信信号研究设计院有限公司，在其网站上发布《致“7·23”甬温线特别重大铁路交通事故死伤者及家属的道歉信》。
铁道部深陷“草率”旋涡
7月25日下午2时许，记者在温州市殡仪馆采访期间，温州市民政局一位工作人员告诉《中国经济周刊》：“我们的工作人员已经两天两夜没有好好睡过觉了，但铁道部没有来过一个人安慰遇难者家属，他们需要的不仅仅是我们的抚慰，而是铁道部能够告诉他们为什么厄运会降临到他们的头上。”
在接待遇难者家属现场，不少人对铁道部在事故处理上的草率表示惊讶。7月24日上午，多家媒体报道称，铁道部宣称“已无生命迹象、救援结束”，此时离事发不到10个小时，而在宣布搜索结束9个多小时后的7月24日17时40分左右，搜救人员在对高架上的半节车厢进行拆解时，发现一名生还的名叫项炜伊的温州女童。对此，王勇平在新闻发布会上回应说：“这只能说是生命的奇迹。”
7月25日，一位在事发现场参与事故全程报道的新华社浙江分社记者告诉《中国经济周刊》：“实际上，在官方宣称搜救结束之后，仍然有几名遇难者被发现，1名生还者被发现。”
温州市民政局一位工作人员告诉《中国经济周刊》：“有一些遇难者是在7月24日早上官方宣布和确认死亡人数之后送来殡仪馆的，甚至有几位是在24日晚官方开过新闻发布会后才确认送过来的。”
据《中国经济周刊》了解，7月23日当晚，除了救治伤员之外，铁道部对尽快恢复交通也提出了要求，而尽早结束搜救工作才能为尽快通车创造条件，项炜伊之所以能够被发现是由于该半节车厢处于高架上必须进行拆解。
温州市第二人民医院负责项炜伊抢救治疗的医生告诉记者，生命探测仪采用声波对活体进行探测，一般来说，只要有生命都能够探测到，为什么项炜伊没有被找到，这是医学上没有办法给出的解释，必须物理学家给出答案。
7月28日，铁道部“7·23”甬温线特别重大铁路交通事故救援前线指挥部负责人指出，近日，一些媒体报道“7·23”事故救援中，“铁路官员24日曾宣布，车厢内无生命迹象，救援结束，但现场又搜救出生还者”，这种说法完全没有根据。
而在赔偿标准上，铁路部门给出赔偿数字的变更也让很多遇难者家属心寒。在温州市殡仪馆，温州市民政局的一位工作人员告诉《中国经济周刊》：“让很多遇难者家属心寒的是，铁路部门过早草率地提到了赔偿金额的问题，在没有弄清楚责任的情况下，提出只有17万余元的赔偿方案，让很多遇难者家属无法接受。”
铁道部的依据是2007年国务院令第501号《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》规定，旅客人身伤亡赔偿限额15万元，行李损失赔偿限额2000元。再加上强制保险2万元，如果旅客并未购买商业保险，则只能获赔17.2万元。
7月26日，有媒体报道称，铁路部门对原有的数字进行了调整，赔偿标准以17.2万元为基数加上20万元保险理赔，总共37.2万元；另外加上遇难者家属交通费、埋葬费等共计不超过45万元；事发后“短时间接受”谈判并签订协议的“予以数万元奖励”。
此则消息一出，再次引起了民众的不满。7月27日上午9点，温州宣传部新闻发言人表示，网上“早签约有4到5万元奖励”的说法是谣传。
“让铁道部变成铁监会吧”
实际上，在发展动车和高铁技术时，铁道部多次强调国有知识产权的重要性。追尾事故中，后车D301为CRH2车型，由中国南车旗下的南车青岛四方机车车辆股份有限公司引进日本川崎重工技术生产。前车D3115为CRH1车型，由南车四方车辆有限公司与加拿大庞巴迪的合资公司BST生产。
追尾事故发生后，日本《朝日新闻》引用日本川崎重工、日立重工等联名发表声明称：中国高铁CRH2型动车组使用日本公司技术及关键核心部件，未经日方允许，擅自修改了运行条件和运行参数，对此造成的事故，日方概不负责。
7月25日，中国南车党委宣传部部长曹钢材在接受人民网采访时表示，南车只是车辆制造商，车辆的信号、调度系统都是按照铁道部给出的既定数据进行安装、调试的，使用过程中的维护和保养基本都由铁路部门来完成。
一位熟悉铁路系统的人士告诉《中国经济周刊》：“随着动车和高铁的大规模建设，铁道部所承担的工作量越来越大，而作为政府部门应该尽量缩小其管辖的职权，特别是能够让市场解决的问题尽量让市场来解决。”
财经评论员叶檀呼吁，应该尽快拆分铁路部门，让铁道部变成铁监会，成为彻底的监管者，下属铁路公司、投资公司、设备公司成为彻底的市场主体，才能让我国的铁路建设摆脱在大干快上中噩梦不断的险恶境地。