寻找病源“难”
6月10日，德国罗伯特科赫研究所所长布格尔说，芽苗菜是此次疫情的病菌源头，他们发现吃过芽苗菜的人感染大肠杆菌的可能性比普通人高9倍。同日，北威州消费者保护部宣布，在一家多人患病的家庭丢弃的芽苗菜上发现了致病细菌O104：H4型大肠杆菌。
寻找病菌源头是疫情发生后德国各级政府面临的首要任务。仅罗伯特科赫研究所就派出10支专家队伍，分赴汉堡等地的餐馆和食堂。但是，为什么迟至10日才确定疫情源头呢？这是三个原因综合作用造成的。
首先是患者记忆随时间散失。寻找病菌源头，最初的线索依赖于患者对近期食物的回忆。然而，在感染大肠杆菌后，要经过一周甚至更长时间才会腹泻，而最严重的后果还要过一周才会显现。这一过程后，患者的记忆容易出现盲区。
另外，确认病菌源头是一个非常繁复的过程。大肠杆菌可以通过水、食物、受污染的器物等多个途径传播。确定一个特定的病菌源头，必须有数家不同的专业机构共同配合，进行复杂的实验室检验，直至最终分离出菌株，并与患者体内的致病细菌匹配。完成这一过程，不仅需要能力和耐心，还需要运气。
麻烦的是，大肠杆菌遁形的速度很快。从某个角度来说，大肠杆菌非常脆弱。周围环境细小的温度变化、盐度变化、酸碱度变化，都可能把大肠杆菌杀死，其存在过的证据也因此消失得无影无踪。
危机应对“乱”
在这次疫情中，德国各级政府的表现受到外界诟病，原因是德国应对此次危机有些“乱”。
首先是早期预警不力。德国对出血性腹泻患者进行常规化验寻找的是志贺氏菌、沙门氏菌和弯曲菌等，不包括大肠杆菌。世卫组织专家弗莱明朔伊茨说：“受制于缺少早期诊断，（德国）在大批患者入院前，没有发出早期预警。”
其次是疫情发布机构太多，民众无所适从。德国《时代》周报网络版发表评论说，本次德国疫情的应急管理一团糟。有太多的机构、官员和专家介入，同时又缺乏疫情中央监控机制。最初汉堡官员宣布在西班牙黄瓜上发现肠出血性大肠杆菌，后又由联邦政府说明，西班牙黄瓜并不携带造成本次疫情的特殊菌株。面对过量的信息，德国民众不安、迷惑的心理不减反增。
乱的另一表现是德国医疗体系内部信息交流不畅。德国媒体说，德国各地卫生局往往并不能及时上报疑似或确诊病例，这造成罗伯特科赫研究所汇总的确诊或疑似病例总数严重滞后。
尽管遇到种种不顺利，但随着疫病流行高峰逐渐过去，德国的大肠杆菌疫情正在缓解。在德国新感染的患者逐渐减少和疫情源头确定后，德国政府已不再坚持在部分地区不要生吃黄瓜、西红柿和生菜的建议。另外，俄罗斯等一些曾经封杀欧洲蔬菜的国家表示，如能证明蔬菜的安全性，将解除进口禁令。对于西班牙等国家菜农的赔偿措施也已提上欧盟的议事日程。
疫情淡出后，对于这次疫情的全面反思刚刚开始。