参与解救少女起家
苏联撤军后，阿富汗抗击苏联的各支武装力量并没有停止战斗，而是彼此混战，划分势力范围。据说，奥马尔对“圣战”游击队之间的自相残杀早就感到不满，并终于在1994年上半年发现了改变这种状况的机会。当时，有一名游击队长官强奸了两名阿富汗少女。奥马尔得知这个消息后，临时招募了30多个自己学校里的学生，带着16支步枪攻进了这个游击队的基地。奥马尔带领的学生军不仅救出了这两名阿富汗少女，还缴获了大量的枪支弹药。
几年后，奥马尔对巴基斯坦的记者解释当时那么做的动机时说：“我们在和做坏事的穆斯林战斗。当有人对妇女和穷人施暴时，我们怎能袖手旁观？”这次事件以后，奥马尔开始带领着他的学生武装与阿富汗各地军阀作战，并最终掌握了阿富汗政权。
1996年3月，奥马尔被推举为“埃米尔”，意思是信徒的领导人。当年4月4日，塔利班还举行了隆重的宗教仪式，奠定了奥马尔在塔利班运动中的领袖地位。路透社的报道甚至说，奥马尔在当年从坎大哈的圣坛中取下了伊斯兰教先知穆罕默德曾经用过的袍子，披在自己身上。
传说隐居像苦行僧
自从塔利班1996年9月在阿富汗各派别的斗争中取胜，攻占了首都喀布尔以后，奥马尔就开始了一种与世隔绝的、近乎隐居的生活。朋友们眼中的奥马尔生活俭朴。美国对塔利班的军事打击开始前，奥马尔住在坎大哈郊区的一所大房子里，据说这所房子是沙特流亡富翁乌萨马本拉丹专门为奥马尔修建的。平日里，奥马尔深居简出，只在家中潜心学习伊斯兰的各种经文和教义。
称自己是“伊斯兰的仆人”的奥马尔和外界几乎没有任何联系。塔利班掌握阿富汗政权后，他把所有的对外事务都交由塔利班的外交部长瓦基勒艾哈迈德穆塔基勒处理。他也很少过问阿富汗的对内情况，偶尔和塔利班的高级官员们开会，也是围在自己床边。据说奥马尔有时也在一些零碎的小纸片上写下只言片语的指示，交给塔利班的高级官员们处理。
奥马尔几乎不接受采访，只有为数不多的几个“外人”见过他。他是一个忠实的穆斯林，据说他一生中接见的“外人”中，只有两个非穆斯林。一个有幸见过奥马尔的“外人”深深地记得当时的场景，他告诉路透社记者说，奥马尔独自隐居的情况让人们联想起中世纪时基督教的苦行僧。
他的照片当然是少而又少，仅有的几张也是图像模糊，难以辨认。人们只知道，奥马尔身材高大，留着长长的胡子。他在早年的战斗中曾多次受伤，其中有一次被弹片击中脸部，为此他失去了右眼。