2009年，国务院发布了《关于2009年深化经济体制改革工作的意见》（国发〔2009〕26号）。各地区、各部门继续把深化改革、建立健全有利于科学发展的体制机制放在重要位置，在应对国际金融危机的过程中，更加注重依靠改革来扩大国内需求，激发经济恢复增长的活力和动力，一些重点领域和关键环节的改革取得了新突破。
——在完善所有制结构方面：中央企业调整重组步伐加快，企业户数由2008年底的142家调整至2009年底的129家。建立规范董事会试点扩大到24家。电信体制改革深入推进，基础电信企业资产和业务重组工作基本完成，3G牌照已经发放，并出台了相关监管措施。国务院印发《关于进一步促进中小企业发展的若干意见》（国发〔2009〕36号），对扩大市场准入范围、降低准入门槛作了进一步要求，提出了切实缓解中小企业融资难的各项措施。国务院印发《关于进一步深化化肥流通体制改革的决定》（国发〔2009〕31号），取消了化肥经营市场准入中对企业所有制性质的限制。
——在财税体制改革方面：增值税转型全面实施，减轻企业负担1200多亿元。成品油价格和税费改革顺利推进，公路养路费等6项收费彻底取消，政府还贷二级公路取消收费工作有序展开。节能环保项目企业所得税减免政策得到落实，同时，部分地区率先开展了二氧化硫和化学需氧量排污权有偿使用和交易试点。
——在金融体制改革方面：国家开发银行商业化转型全面推进，已改造成股份制商业银行。农业银行股份制改革已完成财务重组和股份公司设立工作。中国进出口银行、中国出口信用保险公司改革方案获国务院通过。小额贷款公司试点在全国范围内推开。新型农村金融机构试点扩大到全国31个省份。消费金融公司试点工作在北京等4个城市启动。《关于进一步改革和完善新股发行体制的指导意见》发布实施，市场约束机制进一步完善。创业板市场正式推出，为自主创新及其他成长型企业开辟了新的融资渠道。跨境贸易人民币结算试点在上海等5个城市展开。
——在价格改革方面：新的成品油价格形成机制规范运行，有关部门出台了《石油价格管理办法》，按新的成品油定价机制调整成品油价格，对保障国内成品油供应发挥了重要作用。出台了电价调整方案，积极稳妥地推进电力用户与发电企业直接交易试点，规范风电价格管理。积极推进水价改革，开展垃圾处理等环保收费改革试点。实施了化肥价格市场化改革方案，建立农资综合补贴动态调整机制。
——在投资体制改革方面：有关部门修订了《政府核准的投资项目目录》，改进政府投资计划下达方式，对中央补助地方的点多、面广、单项资金少的项目，实行切块下达的办法，进一步调动了地方和部门的积极性。
——在社会保障和收入分配制度改革方面：党中央、国务院对深化医药卫生体制改革作出部署，明确了2009年至2011年的阶段性工作目标和5项重点改革任务。有关部门研究制定并组织落实改革意见及实施方案，出台了15个配套文件，基本医疗保障制度建设和实施国家基本药物制度、健全基层医疗卫生服务体系等重点改革有序推进。基本养老保险省级统筹基本实现，转移接续办法出台。《国务院关于开展新型农村社会养老保险试点的指导意见》（国发〔2009〕32号）发布，试点各项工作稳步推进。国务院决定在境内证券市场实施国有股转持，拓宽了社保基金的筹集渠道。有关部门出台指导意见，对中央企业负责人薪酬管理作出了规范。事业单位绩效工资制度在全国义务教育学校、公共卫生与基层医疗卫生事业单位开始实施。
——在农村改革方面：集体林权制度改革全面推开，15亿亩确权到户，占全国集体林地总面积的60%。这是继农村土地家庭承包之后我国农村经营制度的又一重大变革。通过明晰产权、放活经营、加强扶持、搞好服务，改革对于促进农民增收、农业发展、生态改善的作用日益显现。
——在全国综合配套改革试验方面：到2009年5月，各试验区的改革试验总体方案已全部获国务院批准。上海浦东新区、天津滨海新区等综合配套改革试验区，按照中央关于新时期深化改革扩大开放的战略部署，深入贯彻落实科学发展观，在促进发展方式转变、加快开发开放、统筹城乡发展、推动“两型”社会建设等方面，因地制宜开展改革试点，取得了积极进展。其中，成渝地区的农村产权制度改革、深圳市的大部门体制改革、上海浦东新区的现代金融服务体系和自主创新体系建设等，都对全国改革发挥了较好的示范借鉴作用。
此外，地方政府机构改革有序开展；事业单位分类改革试点稳步进行；文化、新闻出版体制改革进入全面推进阶段；涉外经济体制改革继续深化。