2009年是我国新医改开局之年。3月，中共中央、国务院下发《关于深化医药卫生体制改革的意见》，明确了改革的指导思想、基本原则和2020年前我国医药卫生改革发展的目标任务。国务院制定《深化医药卫生体制改革近期重点实施方案》，要求2011年前重点抓好五项改革：一是加快推进基本医疗保障制度建设，二是初步建立国家基本药物制度，三是健全基层医疗卫生服务体系，四是促进基本卫生服务逐步均等化，五是推进公立医院改革试点。一年来，各地各部门认真贯彻落实中央的部署，各项工作都取得初步进展。
一、基本医疗保障制度建设取得突破。一是进一步扩大覆盖范围。在全国范围内全面实施城镇居民基本医疗保险制度，解决城镇企业职工以外其他城镇居民基本医疗保障问题，包括大中小学生、老年人、无业人员、临时就业人员，农民工也可以选择参加。全国1/3省份完成了关闭破产企业退休职工和困难企业职工参保任务。各地不断改进新型农村合作医疗制度的管理服务，参合率稳定在90%以上。到2009年底，城镇职工医保、城镇居民医保、新农合参加人数总共达到12.2亿，其中新农合8.33亿人，基本实现了对城乡居民全覆盖。城乡医疗救助全年共资助6500万人次。二是进一步提高保障水平。城镇居民医保和新农合筹资水平达到每人每年不低于100元标准，其中政府补助不低于80元。全国2/3省份提前一年完成了中央提出的基本医疗保障制度最高支付限额任务，城镇职工和居民医保达到当地职工年平均工资和居民可支配收入的6倍，新农合达到当地农民人均纯收入6倍以上。医疗费用报销比例进一步提高，城镇居民医保和新农合由大病住院统筹和门诊统筹延伸，报销范围进一步扩大。
二、国家基本药物制度稳步实施。在完成大量准备工作基础上，2009年8月国务院深化医药卫生改革领导小组办公室召开电视电话会议，部署启动建立国家基本药物制度工作。同时印发《关于建立国家基本药物制度的实施意见》、《国家基本药物目录管理办法（暂行）》和《国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）》等文件。规定基本药物实行省级统一集中网上招标采购和统一配送，在基层医疗卫生机构实行零差率销售；基本药物全部列入基本医疗保障甲类药品目录，报销比例明显高于其他药品。国家发改委公布基本药物零售指导价格，要求各地在全国统一零售指导价格幅度内，根据招标采购价格和配送费用确定当地零售价格。各地按照中央部署，积极组织实施基本药物制度，建立省级网上集中统一招标采购和统一配送机制，落实中央提出的在30%政府举办的基层医疗卫生机构实施基本药物制度、实行零差率销售的目标任务，各项工作进展顺利。
三、基层医疗卫生服务体系更加健全。农村三级医疗卫生服务网络进一步完善，全国所有地级以上城市和93%的县级市开展了城市社区医疗卫生服务。一是完善城乡基层医疗服务设施。中央下达专项资金200亿元，支持986个县级医院（包括中医院）、3549所中心乡镇卫生院、1154所城市社区卫生服务中心建设。各地认真组织实施，加强规范管理，完成了年度建设任务。二是加强基层医疗卫生队伍建设。大力实施城乡对口支援和“万名医师支援农村卫生工程”，900所城市三级医院与2200所县级医院建立了对口支援和协作关系。各地从当地实际情况出发，加强了为城乡基层招聘、委托培养和在职培训医疗卫生人员工作。三是完善基层医疗卫生机构补偿机制。在推进实施基本药物制度的同时，各地都开始进行基层医疗机构和医务人员补偿测算工作，研究建立补偿制度。到2009年底，全国有25个省份落实了中央关于对乡村医生的公共卫生服务进行补助的政策。
四、基本公共卫生服务逐步均等化有序推进。2009年7月，卫生部、财政部、国家人口计生委联合下发了《关于促进基本公共卫生服务逐步均等化的意见》，规定逐步免费向城乡居民提供9类21项国家基本公共卫生服务项目，包括建立居民健康档案、健康教育、预防接种、传染病防治、儿童保健、孕产妇保健、老年人保健、慢性病管理、重性精神疾病管理等，明确了服务标准和要求。同时，继续实施国家重大公共卫生专项，包括为15岁以下人群补种乙肝疫苗、为35岁以上妇女做宫颈癌和乳腺癌检查、提高农村妇女住院分娩率、实施白内障患者复明手术、对农村燃煤污染型氟中毒区进行炉灶改造、实施农村无害化卫生厕所建设等。各地积极采取行动，按规定落实公共卫生经费，制定本地区促进基本公共卫生服务逐步均等化工作方案和服务标准。到2009年底，总体上看，基本实现了规定的工作目标，部分省份提前完成了任务。
五、公立医院改革试点取得初步进展。研究公立医院改革思路和政策措施，制订试点工作指导性文件，遴选试点城市，基本完成了公立医院改革试点的准备工作。一些地方根据中央医改方案要求，积极推进本地区公立医院改革，探索公立医院改革的途径，为推进全国公立医院改革试点积累了经验。加强公立医院规范化建设，完善医疗质量管理规范体系，建立健全医疗技术临床应用管理制度，研究制订临床诊疗路径，已经发布112个病种的临床路径，在60余家医院开展试点，推进临床诊疗规范化，稳步提高医疗质量。
六、防控甲型H1N1流感等重大疫情成效显著。面对全球范围暴发的甲型H1N1流感疫情，党中央、国务院高度重视，提出了依法科学防控的指导方针，组织各地各部门协调有序开展防控工作，率先在世界上大规模接种甲流疫苗并取得良好效果，有效控制了疫情的传播扩散，同时加强了对其他重大感染病的防控，最大限度地保护了人民的健康和安全，减轻了疫情对经济社会发展和群众生产生活的影响。