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大部门的组织形式问题。大部门设立之后，部委的内部组织形式将发生很大变化，在现有的以部-司-处为主要层级形式的模式之外，可能出现部-管理局-处、部-执行局等层级形式，这就需要正确处理决策与执行之间的关系。
大部门的协调机制问题。大部门之中，原来由独立部门合并进来的内部管理局或执行局将保持一定的相对独立性，在这些相对独立的管理局或执行局之间，如何建立起协调和内部沟通的机制，也是一个非常现实的问题。
大部门的领导层级问题。大部制下，管理幅度变大，原有的行政首长-分管领导-司长-处长的管理层级在大部门体制下显得链条过长，需要平衡管理幅度与管理层次之间的关系。
大部门的决策机制问题。大部制下，专家、公众、相关利益群体参与行政决策的途径如何保持畅通，需要认真解决。
大部门的管理机制问题。大部制下，部长如何对下辖的具有相对独立职能的机构实施有效管理，需要认真研究解决。
大部门的监督机制问题。大部制下，部门职能领域变大，权力与职责相应增多，如何对部门实施有效监督，也是一个难点。
以推行大部制着手，布局行政管理体制改革
大部制改革所涉及到的各种复杂问题，只有根据行政管理体制改革的总体要求，才能得到解决。因而，建议从推行大部制着眼，系统推进行政改革，最终建立符合服务型政府、责任政府和法治政府要求的政府部门体制。建议重点抓好如下改革：
建议推进大部制下的内部协调机制建设。可在部长负责制与部长办公会议制度的基础上，建立类似于理事会制的协调机制，由部长、决策司负责人、管理局与执行局负责人共同组成大部门的议事协调中枢。
建议推进大部制下的决策制度改革。可借鉴当代市场经济发达国家的现代政府决策制度的形式，完善政府决策咨询委员会制度和决策审议会制度。在大部门中设立决策审议会制度，审议会委员由专家、社会公众和相关利益群体成员组成。大部制中的重要决策领域，要实行委员会制。
建议推进大部制下的执行制度改革。大部制下，部长对相对独立的管理局或执行局的管理，要建立在设定绩效指标、确定预算规模、签订服务合同的基础之上，以绩效要求、服务要求作为大部制管理的基础。在这方面，审计署对下属特派办领导班子和领导干部进行绩效评估的经验值得借鉴。
建议推进大部制下的监督机制改革。大部制下的部长应明确实行部长责任制，部长应对部门各机构、各公务员的政策、行为及其后果向人大、政府承担政治责任、行政责任。全面推行以行政首长为重点的行政问责制，就是大部制改革的重要配套改革。
建议推进大部制下的服务机制改革。在大部制下，所有的行政审批事项、行政服务事项，都应采取“一站式”办公的方式，集中办理，并实行电子系统监察。在这方面，农业部成立行政审批综合办公室，把原来分散在有关司局和部属事业单位的各项行政许可事项集中起来，统一办理的经验值得借鉴。
建议加快推进大部制下的政府职能转变。针对目前政府职能存在越位、错位的现状，在推行大部制改革的同时，对一些越位、错位行使职能的政府机构或相应内设机构必须撤销或弱化。如有的综合管理部门的宏观管理职能和微观管理职能都很重，既管宏观、又管微观，且对微观管理兴趣浓厚，热衷于批钱批项目；针对这种情况，就要撤销综合管理部门中具体履行微观审批职能的相应机构。适应完善社会主义市场经济体制对政府机构改革的根本要求，对一些政企不分现象突出的部门(如烟草专卖、铁道、广电等)，也要在大部制改革的过程中，一并实行政企分开。
建议推进大部制下的政府组织法治化进程。要在大部制改革的基础上，尽快制定颁布机构组织法规。在大部制改革的基础上，逐步建立与完善国务院部门组织法，将组成部门的职责权限等在部门组织法中规定下来，从而实现政府职责、机构和编制的法定化与法制化。
建议统筹推进大部制下的事业单位改革与社会组织改革。要坚持配套改革，理顺政府与事业单位、社会中介组织的关系。
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