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功能区是指基于不同区域的资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力等，将特定区域确定为特定主体功能定位类型的一种空间单元。在全国国土空间结构上，一般可以划分为经济区、农业区、生态区等，在单个城市空间结构上，可以划分为居住区、工业区、商业区、旅游休闲区、自然保护区等。
《建议》要求，各地区要根据资源环境承载能力和发展潜力，按照优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发的不同要求，明确不同区域的功能定位，并制定相应的政策和评价指标，逐步形成各具特色的区域发展格局。这是《建议》的一个新亮点，是基于我国国情的现实选择，是实现区域协调发展的重大举措，是落实科学发展观的重要途径。
第一，这是缩小区域差距的重要途径。区域差距不是简单的各区域之间经济总量的差距，而是不同区域人民的收入水平、公共服务、生活水平的差距。促进区域协调发展，最终目的是要使全体人民享有小康社会幸福生活。因此，促进区域协调发展，既要继续支持欠发达地区发展经济、做大分子，也要逐步促使一些生态环境脆弱、发展经济条件不够好的区域的人口逐步转移、缩小分母。
第二，这是从根本上改善生态环境状况的重要举措。我国相当一部分的国土属于生态环境脆弱区域，其自然状况难以支撑现有的且不断增长的人口过上人均3000美元的小康生活。对这类区域来讲，实现第一个翻番、达到人均1000美元，生态环境已经不堪重负。因此，谋划区域协调发展，要跳出行政区的界限，用更广阔的视野来考虑包括人口在内的各种生产要素的流动问题。从根本上扭转我国生态环境状况，必须按照不同区域的资源环境承载能力，引导经济布局和人口分布适应自然，逐步实现“一方水土”与“一方经济”、“一方人口”相协调。
第三，这是制定区域政策和完善评价体系的重要基础。长期以来，我们对区域经济发展的评价基本上是按各级行政区划进行的。这虽然有利于调动行政区的积极性，便于区域政策操作，但很容易导致不同发展条件的地区之间盲目攀比，并使对地区发展的评价和区域政策有失客观。对经济区，必须评价其经济发展的情况；对生态区，则不能把增加GDP放在第一位，主要应该评价生态环境保护的情况。按功能区划构建区域发展格局，据此制定相应的政策和评价指标，打破了完全按行政区制定区域政策和评价地区经济发展成效的做法，可以使地区评价更有针对性，使区域政策更加细致。
明确不同区域的主体功能定位就是要在东中西和东北地区这一区域发展总体战略布局的基础上，根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，对下一个层面的不同区域进行主体功能区划，逐步形成不同区域主体功能清晰、发展导向明确、开发秩序规范，经济发展与人口、资源环境相协调的区域发展格局。优化开发区域是指国土开发密度已经较高、资源环境承载能力开始减弱的区域，要着力提高产业的技术水平，化解资源环境瓶颈制约，提升参与全球竞争的层次，成为带动全国经济社会发展的龙头和我国参与经济全球化的核心区域。重点开发区域是指资源环境承载能力较强、集聚经济和人口条件较好的区域，要充实基础设施，增强吸纳资金、技术、产业转移和人口集聚的能力，加快工业化和城市化，增强区域辐射作用，逐步成为支撑今后我国经济发展和聚集人口的重要载体。限制开发区域是指生态环境脆弱、集聚经济和人口的条件不够好的区域，如退耕还林还草地区、天然林保护地区、草原“三化”地区、重要水源保护地区、重要湿地、水资源严重短缺地区、自然灾害频发地区等。禁止开发区域是指依法设立的各类自然保护区域，要依据法律法规规定实行强制性保护，严禁不符合功能定位的开发活动。
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